แฟรนไชส์ เอเลี่ยน แสดงการเผชิญหน้าที่อันตรายระหว่างมนุษย์กับเอเลี่ยน สิ่งมีชีวิตสายพันธุ์ต่างดาวที่คล้ายปรสิตซึ่งเป็นอันตราย[1] การดำเนินเรื่องส่วนใหญ่จะอยู่ในช่วงศตวรรษที่ 21 ถึง 24 มนุษย์กลายเป็นเผ่าพันธุ์ที่สามารถเดินทางในอวกาศได้และมีการก่อตั้งการปกครองระหว่างดวงดาว หลังจากการควบรวมกิจการของสองบริษัทใหญ่ เวย์แลนด์ คอร์โปเรชัน และ ยูทานิ คอร์โปเรชัน การเดินทางระหว่างพื้นที่ต่าง ๆ ในอวกาศนั้นใช้เวลานาน โดยปกติจะใช้เวลานานหลายเดือนหรือหลายปี และจำเป็นต้องใช้การแช่แข็งร่างกาย เพื่อให้ร่างกายคงสภาพเดิม[2] ตลอดซีรีส์นั้น ตัวละครหลายตัวมักจะถูกปั่นหัวซ้ำ ๆ และทำให้ตกอยู่ในอันตรายจากความโลภและไร้ศีลธรรมของ เวย์แลนด์-ยูทานิ คอร์ป บริษัทขนาดใหญ่ที่ต้องการจับตัวเอเลี่ยนเพื่อเอามาทำเป็นอาวุธชีวภาพ[1][3]

ซีรีส์ยังได้ให้เรื่องราวสมมติของต้นกำเนิดของเผ่าพันธุ์มนุษย์ หลายพันล้านปีก่อนเหตุการณ์หลักในภาพยนตร์ มีสมาชิกคนหนึ่งของเผ่าพันธุ์ที่คล้ายมนุษย์โบราณ เรียกว่า เอนจิเนียร์ส ได้เสียสละตัวเอง เพื่อให้ดีเอ็นเอของเขาเป็นจุดกำเนิดของมนุษยชาติ การทดลองอื่น ๆ ของเอนจิเนียร์ส มีการออกแบบสารก่อกลายพันธุ์ที่ร้ายแรงเพื่อกำจัดเผ่าพันธุ์มนุษย์และปูทางให้เอเลี่ยนเพิ่มจำนวนขึ้นผ่านการการฝังตัวอ่อนในเจ้าของร่าง[4][1] เหตุการณ์ต่าง ๆ ที่เกิดขึ้นในหลายชั่วอายุคนนั้นได้รับการบันทึกตลอดแฟรนไชส์

ลูกเรือที่โดยสารมากับ ยูเอสซีเอสเอส โพรมีธีอุส ยานอวกาศวิทยาศาสตร์ที่หรูหรา เสียชีวิตเกือบทั้งหมดหลังพวกเขาค้นพบเอนจิเนียร์สและสารก่อกลายพันธุ์เอเลี่ยน[4] เดวิด 8 แอนดรอยด์ที่มากับยาน โพรมีธีอุส ได้ทดลองสารก่อกลายพันธุ์บนโลกของเอนจิเนียร์ส (ชื่อว่า แพเนต 4) ทำให้ทำลายล้างประชากรของเอนจิเนียร์สทั้งหมดและต่อมาได้ล่อลวงยานอวกาศอาณานิคม ยูเอสซีเอสเอส โคเวแนนท์ เพื่อสานต่องานของเขา[5] สิบปีต่อมา ลูกเรือของยานอวกาศบรรทุกสินค้า ยูเอสซีเอสเอส นอสโตรโม ได้รับสัญญาณขอความช่วยเหลือจากยานอวกาศเอเลี่ยนซึ่งตกบนดาวแอเคอรอน หรือ แอลวี-426 ทำให้ตัวอ่อนของเอเลี่ยนฝังต้วในร่างโดยไม่ตั้งใจ นำไปสู่การทำลายของยานอวกาศ[6] เอลเลน ริปลีย์ ผู้รอดชีวิตเพียงคนเดียวจาก นอสโตรโม และเป็นตัวละครหลักของภาพยนตร์ชุดดั้งเดิม สัมผัสประสบการณ์การเผชิญหน้ากับเอเลี่ยนและเวย์แลนด์-ยูทานิอยู่หลายครั้ง เมื่อเธอกลับไปยังดาวแอเคอรอน/แอลวี-426 พร้อมกับอาณานิคมนาวิกโยธิน ซึ่งโดยสารบนยานอวกาศ ยูเอสซีเอสเอส ซูลาโก ในที่สุดก็นำไปสู่การฆ่าตัวตายของเธอบนดาว ฟิโอรินา 161 ดาวเรือนจำที่มีแต่ความรุนแรง ต่อมาอีกหลายร้อยปีมีการสร้างโคลนของริปลีย์ขึ้นบนยานอวกาศวิจัยทางทหาร ยูเอสเอม ออริกา[3][7]